Po vzniku Československého státu v roce 1918 bylo nutné řešit jeho obranu a s tím spojenou legislativu. Ve sbírce zákonů a nařízení, vydané dne 9. dubna 1920, byl pod číslem 193 zveřejněn „Branný zákon republiky Československé“ ze dne 19. března 1920. Na základě prováděcích předpisů na území nového státu vznikla zemská velitelská síť doplňovacích okresních velitelství.
V letech 1945 až 1990 byla branné politice věnována velká pozornost. Vyhláškou č. 94 Ministerstva národní obrany v dohodě s ministerstvem vnitra ze dne 16. dubna 1948 byl stanoven Přehled sídel vojenských doplňovacích úřadů s jejich vztahem k politickým úřadům.
Pod Velitelstvím 3. oblasti Brno bylo zřízeno Doplňovací okresní velitelství Kroměříž (okres Kroměříž, Prostějov, Přerov) a Doplňovací okresní velitelství Valašské Meziříčí (okres Holešov, Valašské Meziříčí, Vsetín, Zlín). Rozkazem ministra národní obrany č. 52 ze dne 27. listopadu 1953 se dnem 1. ledna 1954 přejmenovala krajská (městská) a okresní (obvodní) vojenská velitelství na krajské (městské) a okresní (obvodní) vojenské správy.
Po 1. lednu 1993 se krajské vojenské správy transformovaly na Vyšší doplňovací velitelství. Po další reorganizaci vznikla samostatná velitelství územní obrany. Na teritoriu Moravskoslezského, Olomouckého a Zlínského kraje působilo 27. velitelství územní obrany, kterému bylo podřízeno 15 vojenských správ mezi nimi i Zlín, Kroměříž, Uherské Hradiště a Vsetín. Právě výše uvedené územní vojenské správy (Zlín, Kroměříž, Uherské Hradiště, Vsetín a Bruntál) se staly základními „stavebními kameny“ nové vznikající organizace.
Dne 1. ledna 2003 vzniklo 23. krajské vojenské velitelství Kroměříž se sídlem v ulici Havlíčkova, do funkce jeho ředitele byl ustanoven plukovník Ing. Vladimír Fidler. Dne 3. ledna. 2003 převzalo 23. krajské vojenské velitelství Kroměříž do své podřízenosti vojenský útvar 6505 Loukov.
V prosinci 2004 došlo u 23. krajského vojenského velitelství Kroměříž k velkým dislokačním změnám, přesídlilo do krajského města Zlín a od 1. ledna 2003 bylo přetransformováno na Krajské vojenské velitelství Zlín. Jednotlivá krajská vojenská velitelství jsou zřízena na základě zákona č. 585/2004 Sb., o branné povinnosti a jejím zajišťování (branný zákon). Jedná se o vojenské správní úřady, které vykonávají státní správu a současně plní úkoly obrany státu.
Přehled ředitelů Krajského vojenského velitelství Zlín
plukovník Ing. Vladimír Fidler 1. 1. 2003 – 2007
plukovník gšt. Ing. Radek Henner 1. 7. 2007 – 2016
major Ing. Vlastimil Podešva (dočasně pověřen) 2. 1. 2017 – 31. 5. 2017
plukovník gšt. Ing. Petr Potyka 1. 6. 2017 - doposud
