Organizační struktura Krajského vojenského velitelství Zlín
Struktura KVV Zlín
Ředitel
V čele Krajského vojenského velitelství Zlín (dále jen KVV) stojí ředitel, který je přímo podřízen veliteli teritoriálních sil. Ředitel KVV Zlín je současně členem bezpečnostní rady kraje, povodňové komise kraje a krajským vojenským velitelem vojenského regionu. Jednotlivé organizační prvky KVV Zlín pojí vzájemné vazby a oddělení mezi sebou spolupracují.
Velení
Zabezpečuje úkoly finančního a personálního zabezpečení pro KVV a vojáky aktivní zálohy (dále jen AZ). Vedoucí starší důstojník-velení vykonává činnost pověřeného tiskového a informačního důstojníka a zodpovídá za oblast přípravy občanů k obraně státu (POKOS) v rámci teritoriální působnosti KVV Zlín.
Operační oddělení
Operační oddělení je organizační článek KVV Zlín pro zpracovávání, realizaci a vyhodnocování plánu činnosti KVV Zlín, pro střednědobé plánování, plánování a zabezpečení ochrany a obrany územního obvodu, zpracovávání a upřesňování plánu uvádění do bojové připravenosti, včetně zpracování dokumentace bojového (odborného) stmelení, plánování a provádění přípravy velitelů a štábu krajského vojenského velitelství, plánování a realizaci výcviku vojáků v aktivní záloze u krajského vojenského velitelství, plánování a organizování kontrolní a rozborové činnosti, pro plnění úkolů operační přípravy státního území a pro podporu procesů velení a řízení a jejich rozvoj, k zajištění realizace opatření bezpečnosti informačních a komunikačních systémů, ochrany informací a zabezpečení spisové služby. V čele operačního oddělení je vedoucí oddělení, který je přímo podřízen řediteli KVV Zlín a je nadřízen všem příslušníkům operačního oddělení.
Oddělení logistiky
Oddělení logistiky je organizační článek pro řízení a zajištění logistické podpory KVV Zlín, vojáků pěší roty AZ, vojáků AZ oddělení odvodního řízení u KVV Zlín a vojenských útvarů dislokovaných na území kraje k záchranným pracím. Oddělení logistiky koordinuje a provádí logistické zabezpečení aliančních sil působících na teritoriu Zlínského kraje. V čele oddělení logistiky je vedoucí oddělení, který je přímo podřízen řediteli KVV Zlín a je nadřízen všem příslušníkům oddělení podpory.
Oddělení obranných příprav
Oddělení obranných příprav je organizační článek KVV Zlín pro řízení a zabezpečení mobilizační pohotovosti, plánování a provedení mobilizace, řízení mobilizačních příprav, vedení evidence občanů České republiky podléhajících branné povinnosti, evidence věcných prostředků pro doplnění ozbrojených sil České republiky, doplňování ozbrojených sil České republiky vojáky v záloze a věcnými prostředky po vyhlášení stavu ohrožení státu nebo válečného stavu, personální práci s vojáky v záloze a vydávání rozhodnutí ve správním řízení. V čele oddělení obranných příprav je vedoucí oddělení, který je přímo podřízen řediteli KVV Zlín a je nadřízen všem příslušníkům oddělení obranných příprav.
Oddělení odvodního řízení
V rámci organizační struktury je u KVV Zlín formováno oddělení odvodního řízení, na jehož systemizovaná místa jsou zařazeni pouze vojáci aktivní zálohy. Nejedná se o klasické oddělení, které plní stanovené úkoly při běžné činnosti, ale o oddělení, které je aktivováno na základě nařízení náčelníka Generálního štábu Armády České republiky nebo vlády. Jeho činnost souvisí s povinností občanů podrobit se odvodnímu řízení v případě vyhlášení stavu ohrožení státu nebo válečného stavu. V době míru je oddělení tvořeno vojáky v aktivní záloze, kteří jsou pravidelně formou vojenských cvičení připravováni k provádění odvodního řízení. V čele oddělení odvodního řízení je vedoucí oddělení – voják aktivní zálohy, který je po dobu pravidelného vojenského cvičení přímo podřízen řediteli krajského vojenského velitelství a je nadřízen všem příslušníkům oddělení odvodního řízení – vojákům aktivní zálohy na pravidelném vojenském cvičení. 
Pěší rota AZ KVV Zlín
V rámci své působnosti zřizuje KVV Zlín pěší rotu AZ. Jednotka je určena zejména k ochraně objektů kritické infrastruktury v rizikových situacích, např. při aktuální hrozbě teroristického útoku, zhoršené bezpečnostní situaci apod. Dále může být pěší rota AZ nasazena k plnění úkolů Policie ČR nebo ve prospěch integrovaného záchranného systému. 

 

Do 31. prosince 2020 spadalo KVV Zlín do podřízenosti ředitele Sekce plánování schopností Ministerstva obrany ČR. Počátkem roku 2020 přešla AČR na tříúrovňový systém velení a řízení, který pružně reaguje na aktuální změny v bezpečnostním prostředí a jednotkám umožňuje rychle se rozvinout na válečnou organizační strukturu. Vlivem uvedených změn přešlo KVV Zlín dne 1. ledna 2021 do podřízenosti Velitelství teritoria (od 1. ledna 2022 Velitelství teritoriálních sil). Tento taktický organizační útvar, dislokovaný ve městě Tábor, velí KVV Zlín v oblasti plánování, zajištění obrany, řízení, přípravy a výcviku jednotek AZ, krizovém řízení atd. V oblasti výkonu státní správy je KVV Zlín nadále řízeno ze strany Sekce plánování schopností MO.